ПРОГРАММНЫЕ СИСТЕМЫ: ТЕОРИЯ И ПРИЛОЖЕНИЯ

12+

Электронный научный журнал Института программных систем имени А.К. Айламазяна Российской академии наук

Титульная страница
О журнале
Редакция
Процесс публикации
Научная этика
Авторам
Выпуски журнала
Архив выпусков

Статьи представлены в формате PDF

Для чтения файлов в формате PDF рекомендуется
программа Adobe Reader

 


• Содержание выпуска •
• Искусственный интеллект, интеллектуальные системы, нейронные сети •
• Методы оптимизации и теория управления •
• Программное и аппаратное обеспечение для суперЭВМ •

Программное и аппаратное обеспечение для суперЭВМ

Ответственный за рубрику: д.ф.-м.н., чл.-корр. РАН Абрамов С.М.

Слева для каждой статьи показаны: присвоенный статье порядковый номер; дата поступления статьи в редакцию; количество страниц статьи в формате А5; ссылка на полный текст статьи в формате PDF .

 

10

Поступила в редакцию 17.12.2019

Подписана в печать 13.06.2020

18 с.

PDF

Н. А. Аникин, А. Ю. Мускатин, М. Б. Кузьминский, С. Н. Леднев, А. В. Смирнов, А. И. Русаков
Кардинальное ускорение расчетов гигантских биомолекул методами квантовой химии, требующими применения суперЭВМ и/или GRID-систем

Расчеты электронной структуры молекул квантовохимическими методами давно проводятся с использованием суперЭВМ. Сегодня они проводятся на лидере суперкомпьютерного списка TOP500 и будут осуществляться на первом в США экзафлопсном суперкомпьютере.
Краткий обзор современных методов квантовой химии и их применения на суперЭВМ для расчетов в первую очередь больших молекул показывает необходимость применения ускоренных аппроксимационных методик для реализации возможностей проведения таких расчетов. Это особенно актуально для массовых расчетов таких гигантских биомолекул, как докинг-комплексы белок-лиганд.
Для этого нами разработаны дающие большое ускорение при приемлемой точности расчетов алгоритмы аппроксимации для вычисления молекулярных интегралов неэмпирических методов квантовой химии. Для массовых расчетов докинг-комплексов полуэмпирическими методами предложена и программно реализована новая методика, базирующаяся на использовании некоторых локализаций взаимодействий лигандов с белком благодаря формированию групп из полного набора лигандов комплекса.
Изложенная методика позволила достигнуть ускорения на порядки и предполагается к использованию в будущих неэмпирических расчетах. Описанные методики и программы для необходимых массовых расчетов докинг-комплексов естественно вписываются в пакетную систему обработки заданий и могут использоваться в GRID-среде. Такая GRID-система создается на вычислительных ресурсах ЯрГУ и ИОХ РАН на базе стандартных в рамках EGI программных средств UMD 4).

Ключевые слова:
быстродействующие квантовохимические методы, докинг-комплексы, GRID.

Ссылка на статью обязательна

http://psta.psiras.ru/read/psta2020_2_75-92.pdf

цифровой идентификатор статьи DOI

https://doi.org/10.25209/2079-3316-2020-11-2-75-92

 

• Содержание выпуска •
• Искусственный интеллект, интеллектуальные системы, нейронные сети •
• Методы оптимизации и теория управления •
• Программное и аппаратное обеспечение для суперЭВМ •

 

Адрес редакции: 152021, Ярославская обл., Переславский район, село Веськово, ул. Петра Первого, д. 4 "а"
Тел.: (4852) 695-228.       E-mail: info@psta.psiras.ru.      Сетевой адрес издания: http://psta.psiras.ru

© Электронный научный журнал «Программные системы: теория и приложения» (дизайн) 2010-2017
© Институт программных систем имени А.К. Айламазяна РАН  2010-2018